第一階段是升溫干燥階段。噴霧干燥室內溫度上升到30℃-35℃，循環風速2.3米/秒，溫度30℃-35℃。循環風速1.3米/秒時，熱風的傳遞和鮮果游離水分的擴散蒸發加快，尤其是果實皮層失水達15%，表皮出現曲皺，果肉內含結構水也從皮層氣孔開始慢慢滲出蒸發，次期的升速脫水，果內糖分濃度加大，抑制了果內活化酶的活性，保護了多糖、維生素、氨基酸等主要成分不被轉化或損失，尤其對紅色素保護好，干燥的果實色紅質量高。這個階段歷市時3個小時左右。

第二階段為恒速干燥階段。35-45℃鮮果由于果內的水分外滲，皮層聚集充分的非結合水分，這是因為表面的水蒸氣壓與溫度氣壓基本相同，壓迫果實內部水分很快移向表面以滿足表皮水分汽化的需要。排濕風機自己啟動 關閉，烘干時間需要4小時左右。

第三階段果實內失水率達到近50%時，室內溫度自然上升到45℃-55℃，循環風速可有所下調，果內含水越少，脫水時間越短。此期歷時10-12小時左右。大量地脫水使果實體形縮小，即平常說的呈半干狀態，此期稱重測水，果實內含水30%左右。
第四階段為降速干燥階段。當果實含水降到一定數值（30%左右）后，果內的導熱性變小，內外溫差增大，當室內熱空氣達到55℃-60℃時，由于果內水分越來越少，水分的外移蒸發速率下降，水分滲出緩慢，所以還需相當的時間來緩慢排出。此期約12-15個小時才能使果實含水降到13%以下。

枸杞鮮果干燥的普遍現象是果實表面水分擴散大于內部擴散速度，果內含游離水外滲速率大于結構水外滲速率，這是枸杞鮮果內含糖分高導致脫水干燥困難的緣故。如果干燥室內溫度過高，鮮果表面水分散失過快，而果內水分的外滲又供不上來，則表皮會起泡，阻塞了排水氣孔，反而使果內水分排不出來，此時皮層已脫色、品質下降。所，鮮果先進行表面油脂冷浸處理，加上適宜的溫度和風速，在表皮脫水的同時通過氣孔透入果內的溫度升高，有利于果內的水分排出，從而加快了干燥速度，并能保證烘干質量。